ふと、.bashrcを見てみたら、次のような記載があった。

# ~/.bashrc: executed by bash(1) for non-login shells.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files (in the package bash-doc)
# for examples

# If not running interactively, don't do anything
case $- in
    *i*) ;;
      *) return;;
esac

環境変数の設定をするためにcrontabでスクリプトを走らせるときに.bashrcを読み込んでいたが、無駄なことをしていたようだ。